El 56,7% de les empreses de la Cerdanya es van constituir a partir del 2005. Aquesta dada converteix la comarca en el territori de la demarcació de Girona que té més empreses joves, segons l'estudi de l'estructura empresarial de la demarcació de Girona, elaborat per la Diputació de Girona. Aquest percentatge contrasta amb el nombre d'empreses històriques: és la comarca amb menys companyies d'aquest tipus. Només el 0,5% de les empreses de la comarca van ser fundades abans de l'any 1975.

La meitat de les empreses de la Cerdanya s'ubiquen a la capital, a Puigcerdà i concentren el 61,5% de la facturació comarcal que ascendeix a més de 200 milions d'euros. Les empreses de Puigcerdà ocupen, també, la meitat de la força de treball del teixit empresarial comarcal.
La Cerdanya té el percentatge més baix de societats anònimes de la demarcació, amb el 2,1%, i la forma jurídica que predomina és la societat limitada. El teixit empresarial es caracteritza per tenir una dimensió reduïda: 72,4% de les empreses, el percentatge més elevat de la demarcació, factura menys de mig milió d'euros, i el 0,7%, el més reduït, en factura més de 5 milions. Segons aquest estudi, és la comarca que registra menys facturació per càpita, amb 11.103 euros per habitant, i menys ocupació per càpita, amb 95 ocupats per cada mil habitants.

Els serveis són el sector predominant a la Cerdanya. El 57,3% de la facturació total de les 434 empreses ubicades a la comarca procedeix d'activitats de serveis, el segon percentatge més elevat de les vuit comarques gironines. En sentit contrari, és la comarca amb menys presència industrial: només el 10,6% de la seva facturació és generat per societats industrials. El volum de negoci del sector de la construcció de la Cerdanya és, en termes relatius, el més elevat de la demarcació i representa el 28% de la facturació de la comarca. Aquest sector està format per 101 empreses, de les quals 17 facturen més d'1 milió d'euros.
Tot i això, la primera empresa en volum de negoci de la Cerdanya és Armengol Morales, dedicada al comerç al detall de combustibles per a l'automoció, amb seu social al municipi de Puigcerdà.