La Confederació Hidrogràfica de l'Ebre, la CHE, ha avisat sobre la qualitat de l'aigua superficial a la capçalera del Segre al seu pas per la Cerdanya, més específicament a Llívia i Puigcerdà. Segons un estudi realitzat per aquest ens responsable de la gestió de l'aigua a la conca de l'Ebre i als seus afluents, tot apunta que l'aigua del Segre no està en bon estat. Especialment entre Llívia i l'aiguabarreig del riu Querol i Segre, als límits municipals de Puigcerdà i Queixans pel costat occidental.

L'estudi, remarca que l'aigua en aquest tram presenta marcadors biològics en mal estat. Entre els marcadors més crítics hi ha els que indiquen la presència de plantes microscòpiques com les diatomees. La mala qualitat de l'aigua en aquest tram ja va ser detectada per la mateixa Confederació el 2015 i des d'aleshores, no ha millorat. En aquesta línia, l'informe fa referència a abocaments i males olors per part de la Depuradora d'Aigües Residuals així com per aigües residuals urbanes.

Aquests abocaments urbans i ramaders al Segre provoquen contaminació comprovada per nutrients i elements orgànics i una contaminació probable de tipus microbiològica. Aquest escenari ha comportat que la Federació hagi catalogat l'estat de l'aigua amb un risc alt. Per això ha proposat tant a les autoritats locals com a l'Agència Catalana de l'Aigua un pla d'actuació. També des de la CHE es volen aplicar mesures per resoldre aquest problema com ho són la millora de la depuradora de Puigcerdà o el sanejament i la depuració de les aigües a Llívia.

La confederació ha marcat límit de temps, el 2027. Fins aleshores els responsables nacionals i locals de la gestió tenen temps per eliminar els factors contaminants. El que tranquil·litza és que la qualitat de l'aigua a la resta de la Cerdanya, des del riu Aravó o Querol fins a l'Aransa, és bona.